در نوزدهم می ۲۰۰۰ نیز اداره‌ی ثبت اختراعات اروپا، مجوز بررسی اظهارنامه های مرتبط با «روش تجارت» را به اداره‌ی فنی خود داد که نتایج آن در تصمیم «T/97/73» منعکس شده است. اداره‌ی فوق ادعاهای مرتبط با روش تجارت را به سه دسته تقسیم کرده است. دسته‌ی اول ادعاهای مربوط به روش صرف انجام تجارت است که در انجام این روش‌ها از هیچ وسیله ای استفاده نمی‌شود. این ادعاها به استناد بندهای ۲ و ۳ ماده‌ی ۵۲ کنوانسیون اختراعات اروپا می‌شود. (جعفر زاده و همکاران، ۱۳۸۴).
دسته‌ی دوم ادعاهایی هستند که برای اجرای حداقل بعضی از مراحل روش تجارت، از رایانه، شبکه‌ی ارتباطی یا دیگر وسایل دیجیتال نرم افزاری مرسوم استفاده می کند (روش تجارت انجام شده توسط رایانه) و دسته‌ی سوم ادعاهایی هستند که از دیگر وسایل (غیر از رایانه) به عنوان مثال، تلفن همراه استفاده می‌نمایند. دو دسته‌ی اخیر می‌توانند با احراز شرایط ماهوی لازم به ثبت برسند.

بر این اساس می‌توان تفاوت‌های میان ژاپن، امریکا و اروپا را به شرح ذیل خلاصه نمود: در ژاپن، برای اینکه «روش تجارت» بتواند شرایط لازم برای ثبت را به دست آورد، باید از رایانه‌هایی که وسایل عینی و واقعی را که با همکاری نرم‌افزار رایانه‌ای فراهم می کند، استفاده کند، اما در امریکا استفاده از رایانه مورد نیاز نیست و صرف این که روش‌های تجارت، یک نتیجه‌ی مفید عینی و محسوس فراهم نماید، شرایط لازم را برای ثبت احراز نموده است. (نجفی، ۱۳۹۰).
در اروپا نیز روش‌های تجارت، نه تنها می‌بایست از رایانه یا نرم‌افزارهای رایانه‌ای استفاده نماید، بلکه حتماً می‌بایست متضمن «آثار و نتایج فنی» نیز باشد که شرایط لازم به ثبت را احراز نماید.
در حقوق ایران هم، مطابق بند «ب» ماده‌ی ۴ قانون ثبت اختراعات، طرح‌های صنعتی و علائم تجاری مصوب سال ۱۳۸۶، که روش‌های انجام کار تجاری را از حیطه‌ی حمایت تحت عنوان اختراع خارج نموده است، این روش‌ها به عنوان اختراع قابل ثبت نمی‌باشند.
قانون ثبت علائم و اختراعات سال ۱۳۱۰ در این خصوص ساکت است و مقرره‌هایی پیش بینی نکرده است. بنابراین باید گفت موضوعی می‌تواند تحت عنوان اختراع قابل حمایت باشد که روش انجام تجارت صرف نباشد. (نجفی، ۱۳۹۰).
در بسیاری از کشورها، گیاهان و حیوانات غیر از میکروارگانیسم ها، فرایندهای اساساً بیولوژیکی برای تولید گیاهان و حیوانات، جز فرایندهای غیر بیولوژیک و میکرو بیولوژیک، نقشه‌ها، روش‌های درمان انسان یا حیوان، و روش‌های تشخیصی به کار گرفته شده برای انسان یا حیوان، حوزه‌هایی از فناوری هستند که قابلیت ثبت به عنوان اختراع را ندارند. بند ۳ ماده‌ی ۲۷ موافقت‌نامه‌ی تریپس نیز موید فوق است. (Wipo. 2004)
به عنوان مثال بند ۲ ماده‌ی (۱۰) ۶۱۱ (L) مجموعه‌ی قوانین مالکیت فکری فرانسه، بند ۳ ماده‌ی یک از بخش اول قانون اختراعات آلمان، بند ۲ از ماده‌ی ۱ بخش اول قانون اختراعات انگلیس، بند ۲ ماده‌ی ۵۲ کنوانسیون اختراعات اروپا، به صراحت این موارد را از حیطه‌ی حمایت تحت عنوان اختراع خارج کرده‌اند. این در حالی است که قانون گذار آمریکا، شناخت و تعیین موارد خارج از شمول حمایت را بر عهده‌ی قضات و تفسیر ایشان از ماده‌ی (۱۰۱) ۳۵ قانون اختراعات این کشور نهاده است.
در ایران، قانون ثبت علائم و اختراعات مصوب ۱۳۱۰ در ماده‌ی ۲۸، نقشه های مالی و… از حیطه‌ی حمایت خارج کرده است. در قانون ثبت اختراعات، طرح‌های صنعتی و علائم تجاری مصوب سال ۱۳۸۶ نیز مطابق ماده‌ی ۴، روش‌های تشخیص و معالجه‌ی بیماری‌های انسان یا حیوان، منابع ژنتیک تشکیل دهنده‌ی آن‌ها و هم چنین فرایندهای بیولوژیک تولید آن‌ها، از حیطه‌ی حمایت تحت عنوان اختراع خارج شده‌اند.
۲-۱۱-۳-۲- مغایرت نداشتن اختراع با نظم عمومی
اختراع ادعایی حتی اگر تمامی شرایط فوق را دارا باشد اما ثبت آن در مرجع ثبت، آثاری مغایر با نظم عمومی داشته باشد، قابل ثبت نبوده و از ثبت آن جلوگیری به عمل می‌آید.
این شرط یکی از شرط‌های بسیار مهم و حساس و در عین حال مبهم در زمینه‌ی ثبت اختراعات است و این ابهام به خاطر مفهوم غیر دقیق از نظم عمومی است. (صادقی، ۱۳۸۴).
عده ای نظم عمومی را مجموعه‌ی قواعد و پایه های اساسی مرتبط با حسن جریان امور راجع به اداره‌ی کشور و حفظ امنیت، اخلاق، نظام اجتماعی، سیاسی و اقتصادی می‌دانند، که تجاوز به آن‌ها میسر نمی‌باشد. (جعفری لنگرودی، ۱۳۷۷).
این قواعد به عنوان قواعد حافظ جامعه، مانع شکل گیری یا اجرای اعمال حقوقی می‌شوند که برخلاف آن‌ها باشد. در مورد اعطای گواهی اختراع به مخترع نیز به همین ترتیب می‌باشد، یعنی حمایت از حق خصوصی مخترع باید در راستای حفظ پایه های اساسی موجود در جامعه باشد. البته برخی معتقدند که حق ثبت اختراع را نبایستی با مفاهیم مبهمی مثل نظم عمومی درآمیخت و حق مزبور باید نسبت به این ملاحظات و مبانی، بی طرف باشد، به دلیل این که این حق صرفاً یک حق سلبی برای مخترع به وجود نمی‌آورد. یعنی این حق را صرفاً برای مخترع به وجود نمی‌آورد تا دیگران را از استفاده‌ی از محصول اختراع شده منع نماید بلکه منطقه ای ممنوعه ایجاد می کند که مخترع بتواند حق بهره برداری از اختراع را در آن اعمال کند. بر مبنای این حق، دارنده‌ی ورقه‌ی اختراع قادر است تا از اختراعش بهره برداری تجاری کند؛ مگر این که به دلیل غیرمترقبه ای، اجرای اختراع محدود شود، بنابراین، حق ناشی از ثبت اختراع، حقی دو جانبه است؛ یعنی دارای دو جنبه‌ی سلبی و ایجابی است. (Drahos. 1999)
این استدلال را نمی‌توان پذیرفت و حق ثبت را نباید مطلق و بی قید و شرط بگذاریم؛ چرا که این حق در برخی موارد آمیخته با ملاحظات دیگری است که مقدم یا دست کم موازی با حق خصوصی مخترع می‌باشد. از این رو قانون گذار و ادارات ثبت اختراع، به عنوان مقام عالی اعطای حق انحصاری به مخترع، مسئولیتی حیاتی در بررسی مطلوبیت اعطای حق مالکیت به مخترع و مشروعیت بخشیدن به اختراعات بر عهده دارند. (صادقی، ۱۳۸۷).
لذا در اغلب قوانین و مقررات ملی (داخلی)، منطقه ای و بین‌المللی، مجوز استثناء شدن اختراعات مغایر با نظم عمومی را از ثبت، مورد تصریح قرار گرفته است. در موافقت‌نامه تریپس، مطابق بند ۹ ماده‌ی ۲۷ و بعد از آن، که به طرز وسیع حق ثبت اختراع به رسمیت شناخته می‌شود، در بند ۲ استثناء نمودن اختراعات مغایر با نظم عمومی مقرر شده است. این بند به اعضا اجازه می‌دهد تا از ثبت اختراعاتی که ممانعت از استفاده‌ی تجاری از آن‌ها برای حفظ نظم عمومی ضرورت دارد، خودداری نماید؛ مشروط بر این که چنین استثنایی صرفاً به خاطر این نباشد که قانونشان چنین استفاده ای را منع کرده باشد.
در مقررات ملی نیز امروزه قانون گذار کشورهای توسعه یافته و در حال توسعه، نظم عمومی را به عنوان استثنایی بر اختراعات قابل ثبت، پیش بینی کرده‌اند. برای نمونه بخش (۱) ۲ قانون ثبت اختراعات آلمان و بند «الف» ماده‌ی (۱۷) ۶۱۱ (L) قانون مالکیت فکری فرانسه، گویای همین استثناء می‌باشند. ماده‌ی ۳۲ قانون ثبت اختراعات ژاپن نیز مقرر داشته است: «اختراعاتی که به نظم عمومی، اخلاق یا سلامت عمومی آسیب می‌زنند، قابل ثبت نمی‌باشد.»
همچنین ماده‌ی ۵ قانون ثبت اختراعات چنین بیان می‌دارد: «به اختراعی که مخالف با قوانین حکومت یا اخلاق اجتماعی یا مضر به مصلحت همگانی باشد، گواهینامه ی اختراع اعطاء نخواهد شد.»
در قانون اختراعات آمریکا به استثناء اختراع مغایر با نظم عمومی تصریح نشده است، اما شاید بتوان با تفسیر شرط « مفید بودن » اختراع در قانون اختراعات این کشور، چنین استثنایی را استنباط نمود؛ زیرا برخی مواقع، موضوع اختراع شده، علاوه بر فایده، ضرر هم دارد. در این‌گونه موارد باید با مراجعه‌ی به نظر کارشناسان، هر دو جنبه را با هم سنجید و اگر پس از مقایسه بتوان صرفاً به آن اختراع « مفید » اطلاق کرد؛ از این جهت اختراع را واجد شرایط دانست. در هنگام مقایسه‌ی این دو جنبه از اختراع، قطعاً نظم عمومی می‌تواند نقشی اساسی داشته باشد. (نوروزی، ۱۳۸۱).
بند «ب» ماده‌ی ۳ قانون ثبت اختراعات هند، اختراعات مغایر با نظم عمومی و اخلاق را غیر قابل ثبت معرفی کرده است.
حقوق ایران نیز حاوی چنین استثنایی می‌باشد. مطابق بند ۲ ماده‌ی ۲۸ قانون علائم و اختراعات مصوب ۱۳۱۰ «برای هر اختراع یا تکمیل هر اختراعی که مخل انتظامات عمومی یا منافی عفت یا مخالف حفظ الصحه عمومی باشد.» نمی‌توان تقاضای ثبت اختراع نمود. در قانون ثبت اختراعات، طرح‌های صنعتی و علائم تجاری مصوب سال ۱۳۸۶، نیز به استثنائی نظم عمومی اشاره شده است. مطابق بند «و» ماده‌ی ۴ این قانون «اختراعاتی که بهره برداری از آن‌ها خلاف موازین شرعی یا نظم عمومی و اخلاق حسنه باشد.» از حیطه‌ی حمایت از اختراع خارج هستند.
۲-۱۱-۴ - تسلیم گواهینامه اختراع به شخص مخترع
در کشورمان ماده ۳ قانون ثبت اختراعات، طرح‌های صنعتی و علائم تجاری مصوب ۱۳۸۶، در این باره چنین مقرر می‌دارد: «گواهینامه اختراع سندی است که اداره مالکیت صنعتی برای حمایت از اختراع صادر می‌کند و دارنده آن می‌تواند از حقوق انحصاری بهره‌مند شود.» بنابراین تسلیم سندی تحت عنوان گواهینامه اختراع به شخص مخترع پس از انجام مراحل قانونی، رویه‌ای است که در تمامی کشورهای جهان به آن عمل می‌شود، این موضوع یکی دیگر از مشترکات بین دو حوزه بین‌الملل و داخلی ایران محسوب می‌شود. زیرا این مورد در تمام کشورهای جهان پیش بینی شده و رعایت می‌گردد. بنابراین می‌توان این مورد را هم از جمله مشترکات بین این دو حوزه دانست.
۲-۱۱-۵ - حق تقدم در ثبت اختراع
حق تقدم، حق اولویتی است که به موجب معاهده پاریس، که اکثر کشورها از جمله ایران عضو آن می‌باشند، به اتباع کشورهای عضو این معاهده اعطا گردیده است. به موجب این حق،چنانچه فردی اظهار نامه ثبت اختراع خویش را در یکی از کشورهای عضو معاهده پاریس و از جمله کشور متبوع خود ارائه نموده باشد، ظرف مدت ۱۲ ماه از تاریخ ثبت تقاضا نامه، می‌تواند در دیگر کشورهای عضو نیز تقاضای ثبت اختراع خویش را بنماید و در این مدت نسبت به دیگر افراد دارای حق اولویت می‌باشد. به این معنا که دیگر افراد نمی‌توانند ظرف مدت مذکور اختراع وی را به نام خود در سایر کشورها به ثبت برسانند، البته در صورتی که وی تقاضای ثبت اختراع را ظرف مهلت ۱۲ ماهه در کشورهای مورد نظرش بنماید باید ظرف مدت یک ساله از تاریخ تقاضا نامه ثبت اختراع در داخل، نسبت به ثبت بین‌المللی آن اقدام نماید. (شبیری، ۱۳۸۱).
در کشور ایران در بند ج ماده‌ی ۵ قانون ثبت اختراعات، طرح‌های صنعتی و علائم تجاری مصوب ۱۳۸۶ در این مورد مقرر می کند: «……ج ـ هرگاه دو یا چند نفر، مستقل از دیگری اختراع واحدی کرده باشند شخصی که اظهارنامه اختراع خود را زودتر تسلیم کرده و یا در صورت ادعای حق تقدم هرکدام بتوانند اثبات کنند که در تاریخ مقدم اظهارنامه خود را به صورت معتبر تسلیم کرده‌اند، مشروط بر این که اظهارنامه مذکور مسترد یا رد نگردیده یا مسکوت گذاشته نشده باشد، حق ثبت اختراع را خواهند داشت….».
همچنین بند ۲ ماده‌ی ۹ آیین نامه اجرایی قانون ثبت اختراعات، طرح‌های صنعتی و علائم تجاری مصوب ۱۳۸۷ چنین مقرر نموده است:
«اظهارنامه تقسیمی باید دارای الزامات اظهارنامه اصلی بوده و در تسلیم آن نکات زیر رعایت گردد:
۱ـ شماره و تاریخ اظهارنامه اولیه؛
۲ـ در صورت درخواست حق تقدم از سوی متقاضی، ذکر شماره و تاریخ اظهارنامه نخستین، همراه با محل حق تقدم؛
۳ـ اصلاح توصیف، ادعا، نقشه و خلاصه توصیف مذکور در اظهارنامه اصلی؛
۴ـ مدارک مربوط به پرداخت هزینه اظهارنامه های تقسیمی
تبصره ـ در صورت ادعای حق تقدم‌های متعدد برای اظهارنامه اصلی، متقاضی اظهارنامه تقسیمی می‌تواند از حق تقدم یا حق تقدم‌هایی که از نظر موضوعی مرتبط با آن اظهارنامه تقسیمی باشد، استفاده کند.»
این مورد را نیز می‌توان از جمله مشترکات بین دو حوزه‌ی بین‌الملل و حقوق داخلی ایران دانست.
۲-۱۱-۶- انتشار اظهار نامه ثبت در روزنامه‌ی رسمی
در اداره مالکیت صنعتی ایران، چنانچه پس از احراز جدید بودن اختراع، تصمیم اداره ثبت بر حمایت از آن اختراع و اعطای ورقه اختراع به مخترع باشد، اظهارنامه ثبت اختراع در روزنامه رسمی آگهی می‌شود تا پیش از ثبت اختراع چنانچه فرد دیگری ادعای مالکیت آن را داشته باشد نسبت به ثبت آن اعتراض نماید. ماده‌ی ۱۴ قانون ثبت اختراعات، طرح‌های صنعتی و علائم تجاری مصوب ۱۳۸۶ در این باره چنین مقرر نموده است: «اداره مالکیت صنعتی پس از ثبت اختراع باید:
الف- در خصوص ثبت اختراع یک نوبت آگهی منتشر کند
ب- گواهینامه ثبت اختراع را صادر کند
و……»
در ادارات ثبت آمریکا و اروپا نیز، تقاضای ثبت اختراع باید حداقل هجده ماه از تاریخ تسلیم اظهارنامه یا تاریخ حق تقدم منتشر گردد، این انتشار می‌تواند به درخواست متقاضی ثبت قبل از انقضای این مدت نیز صورت گیرد. (هاشمی، ۱۳۸۶).
فرایند انتشار اختراع معمولاً به گونه ای مستقل و به موازات ممیزی اختراع (که برای احراز شرایط ثبت اختراع یعنی تازگی، داشتن گام ابتکاری و کاربردی بودن صورت می‌پذیرد) به پیش می‌رود. ادارات ملی ثبت اختراع در بیشتر کشورها وبگاه ویژه‌ای را برای انتشار اسناد ثبت اختراع تدارک دیده‌اند که با فرا رسیدن موعد انتشار (هجده ماه پس از تاریخ تشکیل پرونده) این اسناد به صورت رایگان بر روی آن وبگاه‌ها در دسترس عموم قرار می‌گیرند.
فاصله زمانی هجده ماهه میان تاریخ تشکیل پرونده و تاریخ انتشار (یا همان دوره محرمانگی) به مخترع امکان می‌دهد تا زودتر از دیگران و بدن نگرانی از کپی برداری رقبا، به امر توسعه، به‌کارگیری و بهبود اختراع خود بپردازد.
۲-۱۱-۷ - امکان طرح دعوی بر علیه شخص مخترع
وقتی به حقوق هر دو حوزه توجه می‌کنیم، متوجه می‌شویم از دیگر اشتراکات موجود ثبت در حوزه داخلی ایران با حوزه بین‌الملل، مسئله امکان طرح دعوی بر علیه شخص متقاضی ثبت یا شخص مخترع می‌باشد. به این صورت که اگر شخصی ادعایی بر موضوع مورد ثبت توسط متقاضی را داشته باشد، و یا اینکه در مورد صلاحیت شخص مخترع معترض باشد می‌تواند بر علیه او در دادگاه صالح اقامه دعوی نماید، دادگاه موضوع را بررسی می‌کند و مورد رسیدگی قرار می‌دهد و در این خصوص رای صادر می کند. در حقوق ایران در ماده‌ی ۱۸ قانون ثبت اختراعات، طرح‌های صنعتی و علائم تجاری مصوب ۱۳۸۶، در این مورد چنین مقرر می‌دارد: «هر ذی‌نفع می‌تواند ابطال گواهینامه اختراعی را از دادگاه درخواست نماید. در صورتی که ذی‌نفع ثابت کند یکی از شرایط مندرج در مواد (۱)، (۲) و صدر (۴) و ماده‌ی ۶ و بند ج آن رعایت نشده است یا این که مالک اختراع، مخترع یا قایم مقام قانونی او نیست، حکم ابطال گواهینامه اختراع صادر می‌شود. هر گواهینامه اختراع یا ادعا یا بخشی از ادعاهای مربوط که باطل شده است، از تاریخ ثبت اختراع باطل تلقی می‌شود. رأی نهایی دادگاه به اداره مالکیت صنعتی ابلاغ می‌گردد و اداره مزبور آن را ثبت و پس از دریافت هزینه، آگهی مربوط به آن را در اولین فرصت ممکن منتشر می‌کند.» طبق ماده ۶۰آئین نامه اجرایی ثبت اختراعات  هرگاه اعتراض معترض مبنی بر ادعای حق مالکیت، نسبت به اختراعی باشد که اظهارنامه ثبت آن تسلیم مرجع ثبت شده است در صورتی که اختراع  قبلاً به نام او ثبت نشده است، باید همزمان با اعتراض، برای اختراع خود مطابق قانون و این آیین‌نامه تقاضای ثبت کرده و حق ثبت اظهارنامه و حق ثبت اختراع و تمام مخارج مربوط به آن را تأدیه نماید. مرجع ثبت موظف است  با رعایت ماده ۵۹ این ‌آیین‌نامه، ظرف ۱۰ روز از تاریخ وصول اعتراض نسخه‌ای از اعتراض‌نامه را به انضمام رونوشت مدارک و دلایل استنادی به متقاضی ثبت ابلاغ نماید. متقاضی مکلف است از تاریخ ابلاغ اعتراض‌نامه پاسخ مکتوب خود را ظرف ۲۰ روز نسبت به اعتراض وارده به مرجع ثبت تسلیم نماید. عدم پاسخ متقاضی به ابلاغ در مهلت مقرر به منزله تمکین وی خواهد بود.
هرگاه متقاضی کتباً به اعتراض تمکین نماید، درخواست او برای ثبت اختراع مسترد شده تلقی می‌گردد و مراتب کتباً به معترض ابلاغ می‌شود تا در صورتی که اختراع وی به ثبت نرسیده باشد، بر طبق اظهارنامه‌ای که همزمان با اعتراض تسلیم کرده است نسبت به ثبت آن اقدام کند. در صورت عدم تمکین متقاضی، مرجع ثبت مراتب را ظرف ۱۰ روز به معترض ابلاغ کرده و وی از این تاریخ ۲۰روز مهلت دارد که اعتراض خود را از طریق مرجع ثبت تسلیم کمیسیون موضوع ماده ۱۷۰ این آیین‌‌نامه نماید. همین ترتیب در موردی نیز باید رعایت شود که اعتراض معترض مبنی بر ادعای داشتن برخی حقوق، غیر از حق مالکیت، نسبت به اختراعی باشد که اظهارنامه ثبت آن تسلیم مرجع ثبت شده ولی هنوز در ایران به ثبت نرسیده است، مگر اینکه اختراع قانوناً قابل ثبت نباشد. در این فرض نیازی به تسلیم اظهارنامه ثبت اختراع به مرجع ثبت نخواهد بود. تصمیم کمیسیون طبق ماده ۱۷۲ این آیین‌نامه قابل اعتراض در دادگاه صالح مقرر در ماده ۵۹ قانون است.
تبصره ۱- در صورتی که اظهارنامه تسلیمی به هر دلیلی منتهی به ثبت اختراع نشود مبالغ پرداختی از این بابت،  قابل استرداد نخواهد بود.
تبصره ۲- در صورت رد اعتراض در کمیسیون، هزینه رسیدگی به اعتراض قابل استرداد نخواهد بود.
تبصره ۳- چنانچه معترض مقیم ایران نباشد، مهلت‌‌های مذکور در این ماده به دو برابر افزایش می‌یابد.