مرحله‏ی دوم در تشخیص نظیر به نظیر بودن خوشه‏ها، انتخاب یکی از خوشه‏بندی‏های اولیه به عنوان خوشه‏بندی مرجع است. مسئله‏ی تشخیص نظیر به نظیر بودن خوشه‏ها در حقیقت تشخیص این مسئله است که هر یک از خوشه‏های یک خوشه‏بندی مشخص، متناسب با کدام خوشه در خوشه‏بندی مرجع می‏باشند. هر کدام از خوشه‏بندی‏ها را می‏توان به عنوان خوشه‏بندی مرجع در نظر گرفت. اما در شرایطی که تعداد خوشه‏ها در خوشه‏بندی‏ها متفاوت است، خوشه‏بندی‏ای به عنوان خوشه‏بندی مرجع در نظر گرفته می‏شود که دارای بیشترین تعداد خوشه‏ها باشد.
مرحله‏ی سوم در تشخیص نظیر به نظیر بودن خوشه‏ها، محاسبه فاصله‏ی بین خوشه‏های خوشه‏بندی مرجع و دیگر خوشه‏بندی‏ها می‏باشد. با در اختیار داشتن الگوی بیتی هر خوشه می‏توان از فاصله‏ی همینگ جهت محاسبه فاصله‏ی دو خوشه استفاده نمود. فاصله‏ی همینگ دو خوشه، تعداد بیت‏های متفاوت‏ در الگوهای بیتی مربوط به آنها تعریف می‏گردد. بنابراین فاصله‏ی بین هر دو خوشه را می‏توان از رابطه ۳-۳ محاسبه نمود.

پس از محاسبه‏ی فاصله تمام خوشه‏ها در یک خوشه‏بندی‏ مشخص با خوشه‏های خوشه‏بندی مرجع، در مرحله‏ی چهارم، خوشه‏هایی با کمترین فاصله به عنوان خوشه‏های متناسب در نظر گرفته خواهند شد. از اینرو، الگوریتم تشخیص نظیر به نظیر بودن خوشه‏ها شامل دو گام اصلی می‏شود. در گام اول، فاصله‏ی بین خوشه‏های یک خوشه‏بندی مشخص با خوشه‏های خوشه‏بندی مرجع محاسبه می‏گردد. در گام دوم نیز، خوشه‏هایی با کمترین فاصله‏ به عنوان خوشه‏های متناسب در نظر گرفته می‏شوند. این گام‏ها برای هر کدام از خوشه‏بندی‏های اولیه اجرا می‏شوند. شبه کد تشخیص خوشه‏های نظیر به نظیر در الگوریتم ۳-۲ آورده شده است. این الگوریتم در حالتی که تعداد خوشه‏های خوشه‏بندی‏ها متفاوت باشد نیز می‏تواند خوشه‏های نظیر به نظیر را تشخیص دهد. البته همانطور که پیشتر نیز ذکر شد در این حالت باید خوشه‏بندی مرجع دارای بیشترین تعداد خوشه‏ها باشد.
در الگوریتم ۳-۲، BitPat یک ماتریس M×K است که M تعداد خوشه‏بندی‏ها، K مقدار بیشینه‏ی تعداد خوشه‏ها در خوشه‏بندی‏ها و هر Bity[i, j] بیت به ازاء خوشه‏ی j-ام در خوشه‏بندی شماره‏ی i می‏باشد. bc عددی است که شماره‏ی خوشه‏بندی مرجع را مشخص می‏کند. خروجی این الگوریتم،Correspondence ، نیز مانند Bity یک ماتریس M×K است که هر عنصر آن، Correspondence[i, j]، مشخص می‏کند که خوشه‏ی j-ام از خوشه‏بندی شماره‏ی i متناسب با کدامیک از خوشه‏های خوشه‏بندی مرجع می‏باشد.